基础医学院‌是学校医学教育中的重要组成部分，起步于建校之初的1952年，1988年成立基础部， 2010年设置法医学专业并开始招生，更名为基础医学与法医学院；2012年院系调整，更名为基础学院, 2016年内设机构调整后，正式更名为基础医学院。学院主要负责医学基础课程的教学、科学研究、师资培养及基础医学重点学科和重点实验室的建设。

学院现设有办公室、教学管理办公室和科研管理办公室3个行政管理科室。下设教研室14个、综合教学实验室4个，基础医学研究中心1个和生命科学馆。学院教职工163人，其中专任教师130人，其中博士59人、占比45.3%，教授15人、副教授58人、高级职称（教师）占比56.2%。学院拥有国家级教学名师1人、全国优秀教师1人、泰山学者海外特聘专家1人、泰山学者青年专家1人、省优秀教师2人、省教学名师3人、省突出贡献专家1人等优秀人才。获评“山东省高校黄大年式教师团队”，省级教学团队2个。

学院坚持以立德树人为根本任务，紧扣国、省重大战略需求，以一流课程为抓手，持续开展教学改革，构建高质量应用型人才培养新体系，不断提升人才培养质量。获批国家级一流本科课程2门，省一流本科课程9门，省课程思政示范课程4门；曾获国家级教学成果奖2项，省教学成果奖10项；省青年教师教学比赛一等奖1项、二等奖4项；省教师教学创新大赛一等奖1项、二等奖3项、三等奖4项；全国病理生理学青年教师教学风采展示会（华东赛区）金奖1项，山东省第五届高校体育教师基本功大赛二等奖2项、三等奖11项。指导学生获各类赛事奖励100余项.

立足科研创新，不断深化学科建设，着力做好科研工作布局、创新能力提升、科技人才引育、科技成果转化等工作, 推动学院科研工作高质量发展。拥有省级重点学科2个，省高校青年创新团队4个；联合获批山东省细胞生物医疗技术重点实验室，建成济宁市重点实验室2个；获山东省自然科学奖1项，山东省医学青年科技奖1项。遴选博士后合作导师2人。近五年，承担国家自然科学基金8项，省级项目25项；发表高质量论文200余篇，其中SCI收录150余篇；引进优秀青年博士15人，赴国内外高等学府交流学习10人。学院基础医学研究中心面积2000余平米，仪器设备600余台件，其中10万元以上大型仪器设备30余件，总值2100余万元，科研条件得到极大改善。

在党建工作方面，学院紧密结合学科优势，聚焦“一融双高”不断夯实党建引领实效，持续推动基层党组织建设，推进“医心医德”“医心微火”“医心医路”三大育人品牌建设，进一步推进党建与学院业务工作深度融合。基础医学院党委被评为山东省教育系统先进基层党组织；获评全国党建工作样板支部1个，济宁市先进基层党组织1个，基础医学院分工会荣获“全省教育系统模范职工小家”称号。荣获山东省教育工委“我来讲党课”优秀作品一等奖1项、“我和我的支部”优秀作品二等奖1项。