形态学实验室成立于1999年，现有专任教师2人，实验技术人员8人，其中教授1人、副教授1人、高级实验师3人、实验师3人、助理实验师2人，硕士7人，获得济宁医学院优秀教师及科技先进工作者荣誉称号的教师1人。形态学实验室主要承担全校各专业《组织学与胚胎学》、《病理学》、《人体寄生虫学》、《医学微生物学》、《医学细胞生物学》等课程的实验教学准备工作，形态学实验室包含的实验教学课程是医学基础课专业的主干课程，是全校各专业的必修和选修课程。本实验室人员近5年主编或参编教材或教辅共17部，获得全国形态学切片大赛一等奖4项、二等奖2项、三等奖2项，获得全国形态学切片大赛优秀组织奖1项,承担或参与教学、科研项目共19项（国家级课题5项、省级课题10项、市级课题1项、校级课题3项），发表SCI论文8篇，中文核心期刊论文25篇，教学论文1篇。