化学教研室成立于1954年，现有专任教师10人，其中教授3人、副教授7人；其中博士6人，硕士3人；在职博士生1人。校级教学名师1人，济宁医学院师德标兵2人。主要承担全校临床及相关专业《基础化学》、《有机化学》和《医用化学》课程的教学工作。

 1990“医学化学”被确认为校级一类课程，2005年被评为山东省精品课程；2005年“面向新世纪构建医学化学教学新体系”被山东省教育厅鉴定为“国内领先”；2006年，“有机化学（药学专业）”课程被评为学院优质课程，2007年被评为学校首批“精品课程”，2014年被评为省级精品课程；2010年无机化学课程被评为校级精品课程。2015年“基础化学”和“有机化学”被学校遴选为数字课程，2018年“基础化学”和“有机化学”被评为山东省在线遴选课程。2018年“有机化学”被评为校级一流学科。

 近五年主编、参编教材14部，其中国家级规划教材6部。济宁医学院中青年教师教学比赛二等奖1人，三等奖2人，基础医学院中青年教师教学比赛二等奖1人，三等奖2人，优秀奖1人。

 科研方面，近五年，承担了包括省“自然科学基金”、省科技厅、省教育厅、济宁市科技局、济宁医学院科研项目20余项。在国内外学术刊物上发表论文40余篇。其中SCI收录10余篇。2018年，以化学教研室为依托的新型抗肿瘤药物分子设计与合成科研创新团队被评为校级培育科研团队。

教研室教学改革和科研方面的突出工作方面在全国同行中产生了积极的影响，2004年8月，在我院成功地举办了“全国第七届医学化学教学、科研研讨会”。