基础医学院立足科研创新，不断深化学科建设，着力做好科研工作布局、创新能力提升、科技人才引育、科技成果转化等工作,推动学院科研工作高质量发展。拥有省级重点学科2个，省高校青年创新团队5个；联合获批山东省细胞生物医疗技术重点实验室，建成济宁市重点实验室3个；获山东省自然科学奖1项，山东省医学青年科技奖1项。遴选博士后合作导师2人。获批国基金27项、省级项目64项，发表论文660篇，SCI等收录285篇；近5年授权发明专利6项；完成成果转化6项，共转化254万元；横向项目10项，共155万元。

近5年，引进优秀青年博士17人，赴国内外高等学府交流学习12人。

基础医学研究中心面积2000余平米，仪器设备700余台件，其中10万元以上大型仪器设备30余件，总资产总值2300余万元。

（数据截至2026年9月）