基础医学院前身为基础部，成立于1988年8月，是我校最早建立的院系之一。2010年设立法医学专业并开始招生，更名为基础医学与法医学院；2012年院系调整后更名为基础学院,2016年内设机构调整, 更名为基础医学院。行政现设有办公室、教学管理科、科研管理科、学生管理科；教学部门设有体育与艺术教学部、基础医学实验教学中心、PBL教学中心以及10个教研室。
基础医学院现有教职工174人，其中专任教师142人，教授24人，副教授56人。博士学位教师44人，硕士学位教师69人。国家级教学名师1人，省级教学名师3人，校级教学名师11人。全国优秀教师1人，全国劳模1人，享受国务院特殊津贴3人，山东省有突出贡献专家3人，济宁市科技功臣1人。
学院现有省级教学团队2个，校级教学团队5个；国家级精品课程、国家级精品资源共享课1门；省级精品课程（群）7门；省级在线开放上线课程15门；校级数字课程17门；省级成人高等教育特色课程6门。
学院现有山东省“十二五”重点学科2个，山东省“十二五”高校重点实验室1个和校级“十二五”重点学科1个。近三年承担上级科研项目57项，其中国家级科研项目14项，省部级科研项目16项；获得上级科研奖励10项；在国内外学术期刊发表学术论文219篇，SCI、EI收录论文46篇；出版著作教材38部。