基础医学院前身为基础部,成立于1988年8月,是我校最早建立的院系之一。2010年设立法医学专业并开始招生,更名为基础医学与法医学院;2012年院系调整后更名为基础学院,2016年内设机构调整, 更名为基础医学院。行政现设有办公室、教学管理科、科研管理科、学生管理科教学部门设有体育与艺术教学部、基础医学实验教学中心、PBL教学中心以及10个教研室。

基础医学院有教职工174人,其中专任教师142人,教授24,副教授56。博士学位教师44,硕士学位教师69人。国家级教学名师1人,省级教学名师3人,校级教学名师11人。全国优秀教师1人,全国劳模1人,享受国务院特殊津贴3人,山东省有突出贡献专家3人,济宁市科技功臣1人。

学院现有省级教学团队2个,校级教学团队5个国家级精品课程、国家级精品资源共享课1门省级精品课程(群)7;省级在线开放上线课程15门;校级数字课程17门;省级成人高等教育特色课程6

学院现有山东省“十二五”重点学科2个,山东省“十二五”高校重点实验室1个和校级“十二五”重点学科1个近三年承担上级科研项目57项,其中国家级科研项目14项,省部级科研项目16项;获得上级科研奖励10项;在国内外学术期刊发表学术论文219篇,SCI、EI收录论文46篇;出版著作教材38部。