基础医学院作为学校最大的教学单位，始终坚持以教学质量为核心，以提高人才培养质量为目标，以管理教学和服务教学为宗旨，积极更新教育教学理念，不断创新教学模式，教研改革成果显著。近年来承担省级以上教研项目20余项，发表教研论文60余篇，获省级以上奖励16项，其中《医学免疫学多媒体教学软件的研制与应用》、《育得优网络辅助教学平台的设计与免疫学立体化教学资源建设及应用》分获国家级教学成果二等奖。跟踪教育和学科专业发展的趋势，积极开展作为教学内容改革成果重要体现形式的教材研究，主编、参编教材16部，使教材多层次、多样化，满足了不同专业、不同层次人才培养的需求。
为提高学生的创新精神和实践能力，强化综合素质的培养，合理利用和优化配置有限的教学资源,学院将原有独立实验室优化整合为四个综合性实验室，充分体现基础性、综合性、研究性三个层次的实验教学课程体系，实现了教学资源的最大共享，并使实验教学管理进一步科学化、统一化、规范化。2007年基础医学实验教学中心被山东省教育厅评为“山东省普通高校实验教学示范中心”。