机能学实验是针对人体或动物正常机能、疾病发生机制和药物作用规律进行的实验研究。包含生理学、病理生理学和药理学三门机能学科的基本实验内容，以及将三门课程知识融会贯通、设计整合的综合性实验和设计性实验，具有综合性强、操作程序复杂、实验难度大等特点。通过机能实验教学可以训练学生基本操作技能，培养学生观察问题、独立分析和解决问题的综合能力，启发学生的创新思维，在应用型医学人才培养中发挥着重要作用。
机能实验室始建于1998年，2008年将生理学、药理学、病理生理学实验室的人员及资源整合，形成独立的机能学实验室。实验室现有专职实验技术人员5名，其中高级实验师1名，实验师3名，初级实验师1名，另设兼职主任1名，实验指导教师34人，分别来自生理学、药理学和病理生理学三个教研室。实验室配备国内领先的信息化集成化生物信号采集系统，同时安装了多媒体教学-局域网系统及实验教学同步演示系统，完全实现了实验教学的智慧化。2023年人体机能实验室的建设完成，更为实现动物实验、人体实验、虚拟仿真实验“三位一体”的机能学实验教学提供了有力保障。
机能学实验室是2017年济宁市“工人先锋号”先进集体，在实验室建设、教学改革中成绩突出。近五年来主持或主要参与省级教改项目3项，校级5项；主持省级、校级大学生创新训练项目6项，校级科研项目3项；主编、副主编实验教材3部，理论教材4部；发表论文10篇。
在学院正确领导和大力支持下，将继续发扬团结进取、求精务实、开拓创新的精神，与学科和谐发展，实行优势互补、资源共享、全面开放的规范化管理模式，建设成为具有先进的仪器设备、掌握追踪现代化实验技术、标准化的医学生素质教育和创新教育的开放型实验教学基地。
