药理毒理研究所成立于2008年，是由原中草药研究室、药物毒理研究室合并组成的，下属于药理学教研室。现有研究人员12人，其中高级职称6人，中级职称6人，硕士学位以上人员8人。拥有价值30余万元的科研仪器设备。主要开展动物行为学研究、心血管药理研究、生殖药理与毒理研究。近年来，本研究所完成了对微山湖区陆地药用植物资源调查，继续对中药槐白皮进行深入研究开发；对中药复方“心搏平”、“温脾汤”对心脑血管疾病的作用及作用机制开展研究；对芹菜素、棕榈花蕾的抗生育作用进行系统研究；开展了药物抗帕金森病、抗抑郁、抗血管性痴呆、抗老年痴呆等研究，研究成果发表于各级刊物中。完成了烟碱、CO降低礼顿疗效的研究，前列腺素E1抗实验性脑缺血-再灌注损伤及机制的研究，苯妥英钠对局灶性脑缺血/再灌注损伤保护作用及机制的研究。获山东省高校自然科学优秀科研成果三等奖2项，济宁市科技进步二等奖2项，三等奖1项，济宁医学院自然科学三等奖1项。近五年来，在各级刊物发表论文20余篇。